1950年1月29日，台湾保密局特务头子谷文正通过追查拷问，抓住了中共台湾省工委书记“老郑”蔡孝乾，蔡孝乾虽然在随后乘机脱逃，但却使得来到台湾开展情报搜寻工作的中共特派员朱枫的身份得以暴露。
后续，台湾保密局的特务门则顺藤摸瓜，将已经获悉风声，躲藏在舟山定海的朱枫给抓住，朱枫被捕后，台湾保密局的特务们则从她从手中的“特别通行证”，查到了国防部参谋次长吴石的身上。
吴石是台湾当局中位高权重的人物，台湾保密局的特务们颇多忌惮，则是将这个情况上报给了局长毛人凤，毛人凤则是在报告给蒋介石后，获得他的命令后，对吴石采取了严密侦查的措施。
2月28日，台湾保密局的特务们诱骗吴石的夫人王碧奎来到保密局进行问话，经过一番诱问，台湾保密局的特务们从吴石的夫人王碧奎口中获悉了朱枫曾来到家中与吴石进行了见面和接触，这就使得吴石“潜伏者”的秘密身份就此逐渐曝光，在蒋介石的直接过问和授意下，吴石在家中被捕。
与此同时，就在吴石被捕的同时，台湾保密局的特务们对躲藏在嘉义农村的老郑”蔡孝乾进行了搜捕，结果，在乡下躲藏近两个月的蔡孝乾经在镇上吃饭时，再次暴露身份，被台湾保密局的特务们再次抓住。
蔡孝乾第二次被捕后，在保密局特务们的威逼利诱之下，竟屈服叛变，供出了潜伏在台湾的地下党名单，使得吴石彻底暴露了身份，被台湾当局以“叛逆”罪名关进了大牢之中。
吴石被关押的大牢是保密局管辖的一个日式监狱，吴石所在的牢房面积很小，环境极其恶劣，不到5平米，却关押了十几个人，吴石刚关押到此时，极度不适应这种环境，休息不好，睡眠极差，导致他身体状况出了问题，多亏在监所医生的建议下，吴石所在的牢房减少了人数，才使得吴石在监所的生活环境有所改善。
除此之外，保密局的特务们在保密局局长毛人凤的授意下，对吴石试用酷刑，反复对吴石进行审讯，想要让吴石妥协和屈服，吴石始终沉着应对，坚贞不屈，与此同时，就是在这样一种身处险境的境遇之下，吴石依旧将所有事情都扛了下来， 以此保护了其他“战友”。
吴石在这所日式监狱中，度过了3个月零11天，在这段时间里，吴石他都要准备随时可能到来的死亡：听到走廊上脚镣的声响，看到牢门钥匙的转动，等候与死神见面，换成普通人面对这样的处境，早都会乱了方寸，大喊大叫，但吴石却始终从容淡定的面对着这一切。
吴石深知自己是没有任何指望会走出这座保密局监牢的，因此他开始在狱中写遗书，在最后的一段时间里，他挥笔写下了2000多字的遗书，这份遗书意味深长、感人至深，令人为之动容。
遗书中不仅有吴石有对儿女，夫人的思念内容，还有他为民族命运不惜牺牲的心声，还有他最为关切的一个遗愿，那就是希望在他就义之后，他生平的好友们能够为其编印其生平军事著作和诗词，完成他的这个遗愿。
在写完这份遗书后，在吴石的多番争取之下，他与被同样关在监所之中的夫人王碧奎见了最后一面，他见到夫人王碧奎后，安抚她照顾好自己，切勿有过多的压力，等到她出去出后，好好照顾四个儿女。
吴石在与夫人王碧奎见了最后一面，做了嘱咐和一些交代后，便做好了从容赴死的准备，1950年6月10日，在台湾当局国防部的军事“特别法庭”上，吴石被判处了死刑，并立即执行。
在当天，吴石被押至台北马场町刑场，从容就义，在就义前，吴石从容自若的留下了他最后的诗作，诗作这样写道：五十七年一梦中，声名志业总成空。凭将一掬丹心在，泉下差堪对我翁。令人看后为之动容！
吴石从容就义后，他的遗骸无人敢收敛，他的同族侄孙吴荫先实在不忍，便站了出来，冒险来到台湾“军法局”申领吴石遗骸，将吴石的遗骸领回火化，然后安置在台北郊区的寺庙之中，长达30多年之久。除此之外，他的夫人王碧奎则在多方营救之下，走出了监所，与孩子们团聚在了一起。
而夫人王碧奎则是没有辜负吴石生前的嘱托，将两个孩子养育的很好，将孩子们养育成人。
而唯一令人感到遗憾的是，吴石生前留下的遗愿终究没有实现，他被捕之后，他住所内的个人文稿，以及各种资料都被保密局的特务们抄走，使得这个事情无法完成。
但好在72年之后，这个遗愿还是在多位文人，作者的努力下得以实现，2022年，郑立等人用十年时间的努力，将残存手稿、口述和档案拼成六十多万字的书籍《吴石遗墨》，并得以出版，这本书籍详细介绍了吴石在台被捕、狱中绝笔和他提供给大陆情报的来龙去脉，使得吴石将军这生前的遗愿终得到了弥补。
2023年6月10日，是吴石将军殉难73周年纪念日，这一天，吴韶成之女吴红代表吴家，何迪代表何家正规股票配资公司，将吴石与何遂这来两位知己好友生前的诗画合璧之作《长江万里图》无偿捐献给了中国国家博物馆，以此来实现了吴石与何遂这两位革命战友的心愿和嘱托。
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